Tony Stark veut imposer à tous les super-héros de révéler leur identité au Gouvernement, ce qui provoque un schisme d'un violence incroyable et un affrontement fratricide entre deux camps de héros : ceux qui ont accepté de se faire enregistrer auprès du Gouvernement et ceux, devenus hors-la-loi, qui ont refusé et qui se battent au côté de Captain America.
Parallèlement au récit central, Civil War : Frontline, écrit par Paul Jenkins, explore les diverses répercussions du conflit.